"A Rússia deve ser responsabilizada por sua invasão da Ucrânia. Hoje estamos tomando medidas para fechar as águas e portos canadenses para navios de propriedade russa ou registrados na Rússia", disse o ministro Omar Alghabra no Twitter.
A proibição deve entrar em vigor ainda esta semana, de acordo com um comunicado.
"Isso terá um impacto econômico significativo", disse o chefe a repórteres, indicando que "outros países estão considerando" adotar a mesma medida.
O governo britânico anunciou na segunda-feira a proibição de acesso aos portos do Reino Unido para navios de bandeira russa.
Muitos países ocidentais, incluindo o Canadá, também fecharam seu espaço aéreo para aviões russos.
O governo, com sede em Ottawa, também anunciou um pacote de ajuda humanitária de 100 milhões de dólares canadenses (cerca de 71 milhões de euros) para a Ucrânia e países vizinhos na terça-feira.
A ONU e suas organizações parceiras lançaram um apelo de emergência na terça-feira para arrecadar US$ 1,7 bilhão para ajuda humanitária à Ucrânia.
A organização internacional estima que 12 milhões de pessoas precisarão de ajuda na Ucrânia, assim como mais de 4 milhões de refugiados que podem fugir dos combates com os russos.