Na entrevista, transmitida em 1995 e com uma audiência de 23 milhões de pessoas, Diana admitiu o adultério.
Jephson, que passou oito anos com a princesa como secretário particular e conselheiro entre 1988 e 1996, renunciou dois meses depois.
"A BBC aceita e reconhece que graves danos foram causados ao comandante Jephson como resultado das circunstâncias em que a entrevista de 1995 com Diana, princesa de Gales, foi obtida", disse a emissora pública britânica em comunicado.
A BBC afirmou que lhe pagou "uma quantia substancial em danos, que pretende doar inteiramente para instituições de caridade britânicas de sua escolha".
"Depois de mais de 25 anos, é um alívio finalmente chegar à conclusão deste episódio doloroso", disse Jephson à agência de notícias PA.
Ele também garantiu que doaria o dinheiro para um hospital infantil no País de Gales, do qual Diana, princesa de Gales, era patrona.
O jornalista da BBC Martin Bashir foi acusado de falsificar documentos para obter a entrevista que lançou sua carreira.
Eles mostraram extratos bancários falsos ao irmão de Diana, Charles Spencer, para fazê-lo acreditar que os serviços de segurança estavam pagando duas pessoas próximas a ele para espionar sua irmã.
Segundo Charles Spencer, foi isso que o levou a apresentar o jornalista a Lady Di.