Barroso � o ministro relator das execu��es penais de condenados no mensal�o no STF e j� liberou para cumprirem pena em casa o ex-ministro Jos� Dirceu, o ex-deputado Jos� Genoino (PT), o ex-tesoureiro do PT, Del�bio Soares, entre outros. S� Cunha teve o pedido negado at� o momento, apesar de ter cumprido o tempo de pris�o necess�rio para progress�o de regime e registrado bom comportamento carcer�rio.
O pedido de Cunha para passar para regime aberto chegou ao Supremo no in�cio de novembro. O parecer do procurador-geral da Rep�blica, Rodrigo Janot, foi desfavor�vel ao ex-deputado. De acordo com Janot, o plen�rio do Supremo condicionou a mudan�a de regime do ex-deputado � restitui��o dos valores ilegalmente recebidos pela pr�tica de peculato no esquema do mensal�o. Por isso, o PGR pediu que Cunha fosse intimado para comprovar a devolu��o dos valores.
A defesa alegou que a progress�o de regime "independe da repara��o do dano", mas, diante da falta de comprova��o do ressarcimento dos valores, Barroso seguiu parecer do PGR e negou o pedido do ex-deputado. O ministro do STF intimou a Advocacia-Geral da Uni�o (AGU) para informar como Jo�o Paulo Cunha deve recolher espontaneamente o valor que deve restituir.