Em 1986, filiado ao PSDB, ele foi nomeado pelo ent�o presidente Jos� Sarney (PMDB) presidente da Funda��o Nacional do �ndio (Funai). Dois anos depois, aos 34 anos, Sarney o indicou para governador do rec�m-criado estado de Roraima. Em 1990, tentou manter a vaga por meio do voto popular, mas perdeu a elei��o. Juc� jamais voltaria a assumir os principais cargos do Poder Executivo e ganhou espa�o no Poder Legislativo e se tornou um forte articulador no Congresso.
Juc� se envolveu em pol�micas logo nos primeiros anos em que ocupou cargos importantes na capital federal. Em dezembro de 1989, pouco depois de deixar a presid�ncia da Funai, ele manifestou-se contra o plano de retirada de cerca de 40 mil garimpeiros que haviam invadido terras ind�genas ianom�mis. Meses antes da elei��o para governador de Roraima, em que o peemedebista tentava permanecer na cadeira, a Procuradoria-Geral da Rep�blica denunciou Juc� sob acusa��o de que, quando era presidente da Funai, ele realizou venda ilegal, mediante suborno, de madeiras de lei ad reserva ind�gena Uru-eu-au-wau.
Em 1992, foi nomeado por Fernando Collor para a Companhia Brasileira de Abastecimento (Conab), ligada ao minist�rio da Agricultura, onde ficou at� 1994, quando foi eleito senador pelo PPR. Logo no in�cio do governo FHC, Juc� foi denunciado pelo Minist�rio P�blico Federal (MPF) em processo por corrup��o, forma��o de quadrilha e peculato, que teriam sido praticados durante sua passagem pela Funai. Ainda assim, mediante recurso junto ao Tribunal Superior Eleitoral (TSE), conseguiu tomar posse no Senado. Em seguida ele foi chamado para a vice-lideran�a do governo de Fernando Henrique Cardoso e se tornou um dos principais articuladores do tucano no Congresso.
Logo que o PSDB deixou o Planalto Juc� se mudou para o PMDB, em 2003, e passou a articular o apoio da legenda ao governo Lula. Em 2005 assumiu o minist�rio da Previd�ncia do governo petista, mas foi exonerado a�s den�ncias de corrup��o, e voltou para o Congresso, onde liderou a bancada governista. Juc� manteve a lideran�a do governo at� 2012, ficando por dois anos como l�der do governo Dilma no Senado. Desde ent�o, passou a criticar a falta de di�logo de Dilma com lideran�as parlamentares e articulou a queda da petista.
O peemedebista teve papel importante nas negocia��es para a vota��o do desembarque do PMDB da alian�a com o governo da presidente afastada Dilma, concretizado em mar�o, durante vota��o por aclama��o. Juc�, ao lado de Eduardo Cunha (PMDB) e o ministro da Casa Civil Eliseu Padilha, coordenaram a reuni�o que durou menos de quatro minutos e oficializou o rompimento com a petista. “A partir de hoje ningu�m no pa�s est� autorizado a exercer qualquer cargo federal em nome do PMDB”, afirmou Juc�.
No ano passado, Juc� teve seu nome envolvido no esquema de corrup��o da Petrobras, investigado pela opera��o Lava Jato. Em dela��o premiada, alguns empreiteiros citaram pagamentos de propinas para o pol�tico. Juc� nega as den�ncias e ressaltou, ao assumir o cargo de ministro do Planejamento, que den�ncias s�o diferentes de condena��es e, por isso, est� tranquilo sobre sua perman�ncia no governo.