Neste per�odo de transi��o, Padilha atuou na aprova��o do texto-base da PEC (proposta de emenda � Constitui��o) da Gastan�a na C�mara e tamb�m est� acompanhando a defini��o das demais indica��es para os minist�rios que ser�o comandados por aliados do governo.
Segundo pessoas pr�ximas ao governo, Lula j� v� clima para novos an�ncios do seu governo com a PEC aprovada. O presidente eleito tamb�m v� a necessidade de anunciar Padilha para organizar a articula��o politica, sobretudo na rela��o com o presidente da C�mara, Arthur Lira (PP-AL).
Padilha acompanhou Lula em diversos encontros com empres�rios durante a campanha eleitoral, e chegou a ser cotado inclusive para o comando do Minist�rio da Fazenda.
Ajudou ainda a organizar atos da Frente Ampla que se formou em torno de Lula, com figuras como Henrique Meirelles e Simone Tebet (MDB).
Sua maior miss�o ser� azeitar a rela��o do Pal�cio do Planalto com o Congresso Nacional, em um quadro em que a base de deputados eleitos considerados fi�is a Lula varia de 130 a 215, de um total de 513, de acordo com diversos analistas pol�ticos. E em que o governo enfrentar� uma oposi��o radical liderada por Jair Bolsonaro (PL).
M�dico infectologista formado pela Unicamp, Padilha foi ministro em outras duas oportunidades.
No segundo governo de Lula, ele assumiu a mesma pasta da Secretaria de Rela��es Institucionais entre 2009 e 2010. Em 2011, na gest�o de Dilma Rousseff (PT), comandou o Minist�rio da Sa�de, sendo o respons�vel pela implanta��o do programa Mais M�dicos.
Quando cuidou da articula��o pol�tica no governo de Lula, Padilha articulou a aprova��o de diversos projetos de iniciativa do Executivo, como o marco regulat�rio do Pr�-Sal, a lei de regulamenta��o do Fundeb (Fundo de Manuten��o e Desenvolvimento da Educa��o B�sica), o Estatuto da Igualdade Racial, a Lei de Cons�rcios P�blicos, a Lei das PPPs, a Lei Nacional de Saneamento e o Fundo Nacional de Habita��o e Interesse Social.
Coordenou tamb�m a implanta��o de programas como o Minha Casa Minha Vida, o Bolsa Fam�lia e o PAC (Programa de Acelera��o do Crescimento) com governos estaduais e municipais. Os programas viraram as principais marcas do governo Lula.
Na �poca, ele coordenou ainda o di�logo com empres�rios e trabalhadores que integravam o Conselh�o – o que fez com que acompanhasse Lula em encontros com diversos deles na campanha eleitoral. Na primeira passagem pela Secretaria das Rela��es Institucionais, Padilha ajudou a formar o arco de alian�as para a campanha presidencial de Dilma.
No governo da petista, deixou uma marca importante ao criar o Mais M�dicos, que chegou a ter 18 mil profissionais da sa�de em atua��o, atendendo a cerca de 60 milh�es de brasileiros por meio do SUS (Sistema �nico de Sa�de).
Em 2014, foi candidato ao governo de SP pelo PT, mas foi derrotado por Geraldo Alckmin (PSB) – que hoje � aliado dos petistas e vice-presidente eleito na chapa de Lula.